La fundació Natzaret neix l’any 1924 per la donació patrimonial de la Senyora Carme Rubert Sureda. El seu patrimoni incloïa l’actual seu de la Fundació. Dues importants donacions es van afegir posteriorment: la del senyor Jaume Bosch Vanrell (1946) i Senyora Magdalena Frontera Enseñat (1987).

Inicialment els objectius de la Fundació van ser: donar acollida, educació moral-intel·lectual i una formació professional als nins i nines que sofreixen situacions d’exclusió i marginació social; dins dels fonaments catòlics. Fins finals dels anys 90, la Fundació tenia estructura d’internat.

A partir de l’any 1988, es reformen els estatuts de la Fundació i es produeix una gran remodelació del casal, adaptant-se a les seves noves necessitats: creació d’ambients més familiars, personalitzats i que s’adaptin als nous programes i sistemes d’acollida, educació i formació. Les noves corrents pedagògiques ens duen a una educació integral i més personalitzada.

La Fundació Natzaret adquireix el reconeixement de Fundació docent i d’investigació pel Govern Balear. La Fundació està dirigida per un patronat presidit a perpetuïtat pel Bisbe de Mallorca.